BLAST-Algorithmus

BLAST (Abkürzung für englisch Basic Local Alignment Search Tool) ist der Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am meisten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten. BLAST wird dazu verwendet, experimentell ermittelte DNA- oder Protein-Sequenzen mit bereits in einer Datenbank vorhandenen Sequenzen zu vergleichen. Als Ergebnis liefert das Programm eine Reihe lokaler Alignments, d. h. Gegenüberstellungen von Stücken der gesuchten Sequenz mit ähnlichen Stücken aus der Datenbank. Darüber hinaus gibt BLAST an, wie signifikant die gefundenen Treffer sind. Die Suche in der Datenbank erfolgt entweder über eine Webschnittstelle oder mit Hilfe von verschiedenen Stand-Alone-Programmen, die lokal installiert werden können.

Das Programm BLAST wurde von Stephen Altschul, Warren Gish, David J. Lipman, Webb Miller und Eugene Myers an den National Institutes of Health entwickelt.^[1][2] Beteiligt an der Algorithmenentwicklung war auch Samuel Karlin.

1. ↑ Stephen F. Altschul, Warren Gish, Webb Miller, Eugene W. Myers, David J. Lipman: Basic local alignment search tool. In: Journal of Molecular Biology. Bd. 215, 1990, ISSN 0022-2836, S. 403–410, doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2.
2. ↑ Sense from Sequences: Stephen F. Altschul on Bettering BLAST. In: sciencewatch.com. 2000, archiviert vom Original am 23. April 2008; abgerufen am 7. Juli 2016.